Do có tầm quan trọng chiến lược về kinh tế và là cửa khẩu chiến lược mở đường từ nội địa Ukraina vào Krym vào ngược lại, eo đất Perekop là nơi diễn ra những trận chiến cực kì ác liệt trong lịch sử. Cả người Hy Lạp cổ đại và người Tatar Krym đều ra sức củng cố hệ thống phòng thủ tại khu vực này. Vào thế kỷ 15, Perekop là một thuộc địa của Cộng hòa Genoa. Vào năm 1783, sau khi Đế quốc Nga sáp nhập Krym, eo đất Perekop trở thành vùng một lãnh thổ của Nga. Đến năm 1954, cùng với Krym, chủ quyền của nó được chuyển cho Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô Viết Ukraina và đến hiện nay nó vẫn thuộc chủ quyền của nước Ukraina hiện đại.

Vào năm 1920, trong một trận đánh dữ dội trong cuộc nội chiến Nga, Hồng quân đã giải phóng khu vực này khỏi quân Bạch vệ của Pyotr Nikolayevich Wrangel. Sự kiện này được dựng lại trong một bộ phim Liên Xô thục hiện năm 1968 tên là "Hai đồng chí đang phục vụ" (Служили два товарища - Sluzhili dva tovarishcha).

Trong cuộc chiến tranh Xô-Đức (1941-45), quân Đức và Rumani tiến vào Krym cũng thông quân eo Perekop. Trận chiến ở đây kéo dài 5 ngày và kết thúc vào ngày 24 tháng 9 năm 1941 khi Hồng quân Liên Xô buộc phải triệt thoái. Trong Chiến dịch Krym (1944), việc vượt qua eo đất Perekop thành công đóng một vai trò quan trọng trong chiến thắng của quân đội Liên Xô.